Die Auswertung von Stellungnahmen und Entscheidungen der EU-Kommission führt vor Augen, dass die EU-Kommission sich mit Verweis auf die Unabhängigkeit der EFSA ihrer Aufgabe entzogen hat, klare Vorgaben für deren Arbeit zu machen, die EFSA-Angaben zu prüfen und zu kontrollieren. Sie hat sich bisher hinter den Gutachten der EFSA versteckt und im Endeffekt Entscheidungsgewalt auf die EU-Lebensmitelbehörde verlagert, obwohl dies laut entsprechenden EU-Vorschriften nicht möglich ist. In einigen Fälle jedoch, z.B. bei den Zulassungsanträgen zum Anbau von Bt11, 1507-Mais und Amflora, widerspricht zumindest ein Teil der EU-Kommission den Gutachten der EFSA.

Die Studie "EU-Risikomanagement", Christoph Then (Scouting Biotech) und Antje Lorch (ifrik) im Auftrag von Hitrud Breyer (MEP, Bündnis 90/Die Grünen) erstellt haben, ist eine der ersten Analysen zum EU-Risikomanagement. Sie kommt zum Schluss, dass die Stellungnahmen, Entscheidungen und Entscheidungsvorlagen der EU-Kommission ein bemerkenswert inkonsistentes Bild ihres eigenen Rollenverständnisses zeigen. Bisher fehlt ein explizit formuliertes und kohärent angewandtes Konzept, um den rechtlichen Vorgaben der EU für Umwelt- und Verbraucherschutz zu genügen.